簡單的說，就是在PCR體系中加入熒光，以便對反應(yīng)體系和反應(yīng)進程進行監(jiān)測、記錄、分析。而熒光PCR儀是在普通PCR的基礎(chǔ)上加上個熒光探頭和相應(yīng)的數(shù)據(jù)處理軟件。

　　說道引物的一個重要參數(shù)是熔解溫度（Tm），這是當(dāng)50％的引物和互補序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時的溫度。Tm對于設(shè)定PCR退火溫度是必需的。在理想狀態(tài)下，退火溫度足夠低，以保證引物同目的序列有效退火，同時還要足夠高，以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55-70℃。退火溫度一般設(shè)定比引物的Tm低5℃。

　　設(shè)定Tm有幾種公式。確定引物Tm最可信的方法是近鄰分析法。大部分計算機程序使用近鄰分析法。從序列一級結(jié)構(gòu)和相鄰堿基的特性預(yù)測引物的雜交穩(wěn)定性。所有軟件會自動計算引物的Tm值，在設(shè)置退火溫度時可如下進行：

　　以低于估算的Tm5℃作為起始的退火溫度，以2℃為增量，逐步提高退火溫度。較高的退火溫度會減少引物二聚體和非特異性產(chǎn)物的形成。為獲得理想結(jié)果，兩個引物應(yīng)具有近似的Tm值。引物對的Tm差異如果超過5℃，就會由于在循環(huán)中使用較低的退火溫度而表現(xiàn)出明顯的錯誤起始。如果兩個引物Tm不同，將退火溫度設(shè)定為比低的Tm低5℃。或者為了提高特異性，可以在根據(jù)較高Tm設(shè)計的退火溫度先進行5個循環(huán)，然后再根據(jù)較低Tm設(shè)計的退火溫度進行剩余的循環(huán)。這使得在較為嚴謹?shù)臈l件下可以獲得目的模板的部分拷貝。